קישואים מבשילים במהירות, ולכן מומלץ לקטוף אותם כשהם באורך 15 עד 20 ס"מ, עוד לפני שהקליפה מתקשה והזרעים מתפתחים. בישראל, עונת הקטיף העיקרית נמשכת מחודש יוני ועד אוקטובר, תלוי במועד השתילה. בדוק את הגינה כל יומיים-שלושה, כי פרי שממתין יותר מדי על הצמח מאבד את טריותו ומעכב את התפתחות הפרות הבאים.
הסימן הברור ביותר לכך שהקישוא מוכן לקטיף הוא גודלו: פרי בקוטר 4 עד 5 ס"מ ובאורך 15 עד 20 ס"מ הוא אידיאלי. הקליפה צריכה להיות חלקה, מבריקה ובעלת צבע אחיד (ירוק כהה, ירוק בהיר או צהוב, תלוי בזן). אם הקליפה קשה לציפורן או שהפרי מרגיש כבד מדי לגודלו, סימן שהוא עבר את זמנו. כמו כן, הפרח בקצה הפרי יתחיל לנבול ולהתייבש כשהקישוא בשל.
טכניקת הקטיף פשוטה: השתמש במזמרה חדה או סכין, וחתוך את העמוד כ-2 עד 3 ס"מ מעל הפרי. אין למשוך או לסובב את הקישוא, כי הדבר עלול לפגוע בגבעול הראשי או בשורשים. מומלץ לקטוף בבוקר, כשהפרי קריר ועמוס בלחות, מה שמאריך את חיי המדף שלו. הימנע מקטיף לאחר גשם או השקיה כבדה, כי הפרי הרטוב רגיש יותר לריקבון.
אחרי הקטיף, אחסן את הקישואים בשקית ניילון מחוררת במקרר, בטמפרטורה של 7 עד 10 מעלות צלזיוס. הם ישמרו על טריותם עד 5 עד 7 ימים. אין לשטוף אותם לפני האחסון, אלא רק סמוך לשימוש. אם קטפת יותר מדי, אפשר להקפיא קישואים חתוכים (לאחר חליטה קצרה) או להכין מהם מטבוחה, לביבות או מרק.
