הקישוא, ששותלים באביב-קיץ ונהנים מפרי הקיץ-סתיו, סובל לעיתים קרובות מכנימות עלה (Aphids). הן מופיעות כנקודות קטנות ירוקות, שחורות או אפורות בצד התחתון של העלים, וגורמות לעיוות העלים ולהפרשת דבש שמזמין פטריית פייחת. הטיפול האורגני המומלץ: ריסוס במים חזקים להסרתן, או שימוש בסבון רך (כפית סבון כלים נוזלי בליטר מים) פעם ב-3 ימים. למניעה, שתלו לצד הקישוא צמחים מושכי טורפים טבעיים כמו שמיר או כוסברה.
מזיק נפוץ נוסף הוא האקרית (הקרדית) האדומה. היא פעילה במיוחד בקיץ החם ויבש, ונראית כנקודות אדומות זעירות בצד התחתון של העלים, עם קורים דקיקים. העלים מצהיבים ומתייבשים. הטיפול: הגבירו השקיה (האקרית שונאת לחות) ורססו בתערובת של שמן נים (Neem oil) לפי הוראות היצרן, או בחליטת שום (4 שיני שום כתושות בליטר מים למשך לילה). חזרו על הריסוס כל 5 עד 7 ימים.
מחלה נפוצה היא ריקבון רך של הפרי (Blossom end rot), הנגרם ממחסור בסידן והשקיה לא סדירה. הפרי נרקב בקצהו התחתון. מניעה: השקו באופן קבוע ועמוק (כ-3 עד 4 ס"מ מים בשבוע), הוסיפו קומפוסט עשיר בסידן (קליפות ביצים טחונות) לאדמה לפני השתילה, והימנעו מהפריית יתר בחנקן. אין טיפול כימי ישיר, הקפידו על תנאי גידול נכונים.
מחלות פטרייתיות כמו טחב אבקתי (Powdery mildew) מופיעות ככתם לבן על העלים, בעיקר בסוף הקיץ כשהלחות גבוהה. טיפול אורגני: רססו בתמיסה של כפית סודה לשתייה בליטר מים עם כמה טיפות סבון, פעם בשבוע. למניעה, שתלו במרווחים גדולים (50 עד 70 ס"מ בין צמחים) לאוורור טוב, והשקו בבוקר כדי שהעלים יספיקו להתייבש. הימנעו מהרטבת העלים.
