הצהבת עלים בפלפל אדום היא סימן מצוקה שדורש תשומת לב. הסיבה השכיחה ביותר היא השקיה לא מאוזנת, גם עודף מים וגם חוסר מים עלולים לגרום להצהבה. באביב ובקיץ הישראלי, השקו את הפלפל פעם ביומיים-שלושה בעומק של 15 עד 20 ס"מ, ותנו לאדמה להתייבש מעט בין השקיה. אם העלים התחתונים מצהיבים והאדמה רטובה כל הזמן, כנראה יש ריקבון שורשים מעודף מים. הפסיקו להשקות עד שהאדמה תתייבש, ואם הניקוז גרוע, שפרו אותו על ידי ערבוב חול גס או פרלייט באדמה.
סיבה שנייה היא מחסור בחנקן, חנקן חיוני לייצור הכלורופיל. אם ההצהבה מתחילה בעלים התחתונים ומתפשטת כלפי מעלה, והעלים נראים חיוורים, דשנו בדשן אורגני עשיר בחנקן כמו קומפוסט או תה קומפוסט. הוסיפו כף של דשן מאוזן (10 עד 10 עד 10) לכל צמח כל שבועיים בעונת הגידול, והקפידו על השקיה לאחר הדישון כדי למנוע כוויות שורשים.
סיבה שלישית היא חשיפה לא מספקת לאור שמש. הפלפל זקוק ל-6 עד 8 שעות שמש ישירה ביום. אם הוא נמצא בצל חלקי, העלים יצהיבו והצמח יתמתח. העבירו את העציץ או השתיל למקום מואר יותר. בארץ, שמש הקיץ חזקה, הקפידו על הצללה קלה בשעות הצהריים החמות (13:00 עד 16:00) כדי למנוע כוויות עלים.
סיבות נוספות כוללות מחלות פטרייתיות (כגון נבול פוסריום) ומזיקים כמו כנימות. אם ההצהבה מלווה בנבילה או כתמים חומים, יש לטפל בתכשיר נגד פטריות על פי הוראות התווית. לכנימות, רססו תמיסת סבון עדין (כף סבון כלים בליטר מים) כל 3 עד 4 ימים עד להיעלמות המזיק. גיזום עלים מצהיבים ישפר את זרימת האוויר ויפחית מחלות.
