כנימות עלה (Aphids) הן מהמזיקים הנפוצים ביותר על עגבניות. הן מופיעות באביב ובתחילת הקיץ כמושבות דביקות בצד התחתון של העלים. סימן אופייני: עלים מסולסלים, צמיגות דבש ופטריית פייחת שחורה. טיפול אורגני: ריסוס במים עם סבון כלים (2 מ״ל לליטר) או שמן נים (5 מ״ל לליטר) כל 3 עד 4 ימים. מניעה: שתילת צמחים מושכי טורפים טבעיים כמו שמיר או כוסברה.
אקריות (Spider mites) תוקפות בעיקר בקיץ החם והיבש. הן גורמות לנקודות צהובות על העלים ולקורי עכביש דקים. טיפול: ריסוס במים חזק להסרת קורים, או שימוש בשמן נים (5 מ״ל לליטר) או בחומץ תפוחים מדולל (1:10). מניעה: שמירה על לחות סביב הצמח על ידי חיפוי קרקע (קש או רסק) והשקיה סדירה.
מחלות פטרייתיות כמו טחב אבקתי (Powdery mildew) וריקבון חום (Blossom end rot) נפוצות בסוף הקיץ. טחב אבקתי נראה כציפוי לבן על העלים, ומטופל בתערובת סודה לשתייה (1 כפית לליטר מים) עם מעט סבון. ריקבון חום נובע מחוסר סידן והשקיה לא סדירה. טיפול: הסרת פירות נגועים, השקיה קבועה (3 עד 4 פעמים בשבוע בקיץ) והוספת קומפוסט עשיר בסידן.
מחלת הנבול (Fusarium ו-Verticillium) תוקפת דרך הקרקע וגור�ת לעלים מצהיבים ולנבילה. אין טיפול כימי יעיל; מניעה: שתילת זנים עמידים (מסומנים באותיות VF), חיטוי כלי גיזום, ומחזור זרעים של 4 שנים לפחות. אם הצמח נפגע, הוציאו אותו מיד ואל תשתלו עגבניות באותו מקום בשנה הבאה.
