בצל גמדי, כמו קרוביו, רגיש מאוד לעודף מים. בחורף (דצמבר-פברואר), כשהגשמים יורדים, כמעט ואין צורך להשקות. רק אם אין גשם במשך שבוע, תן מנת מים קלה (כ-2 עד 3 ליטר למ"ר) אחת לשבועיים. באביב (מרץ-אפריל) העלים מתפתחים והנורות מתחילות להתמלא, השקה פעם בשבוע, כ-3 עד 4 ליטר למ"ר, תלוי במרקם הקרקע.
הקיץ הישראלי (מאי-יוני) הוא שלב ההבשלה. ברגע שהעלים מתחילים להצהיב ולהשתכב, הפסק השקיה לחלוטין. השקיה בשלב זה עלולה לגרום לריקבון הנורות ולפגוע בטעמן. אם הקיץ יבש במיוחד והעלים עדיין ירוקים, השקה פעם בשבוע בכמות מינימלית (2 ליטר למ"ר) בלבד.
איך תדע אם הבצל סובל? סימני עודף מים: עלים מצהיבים מלמטה, ריח רע מהקרקע, ונורות רכות. סימני חוסר מים: עלים צנומים, קצוות חומים, והצהבה מוקדמת. בדוק רטיבות על ידי נעיצת אצבע לעומק 5 ס"מ, אם האדמה לחה, דחה השקיה.
זכור: בצל גמדי מעדיף בצורת קלה על פני רטיבות מתמדת. בחממה או בערוגה מוגבהת, הניקוז טוב יותר, אך עדיין יש להקפיד לא להרבות במים. לקראת הקטיף (סוף מאי-יולי), הפסק השקיה כשבועיים לפני האיסוף לייבוש הנורות.
