הנענע, עשב רב-שנתי נפלא שקל לגדל, עלולה לסבול מכמה מזיקים ומחלות, במיוחד בתנאי לחות גבוהה או חוסר אוורור. המזיקים הנפוצים ביותר הם כנימות ירוקות ושחורות, אקריות (קרדית עכביש), וזבובים לבנים. המחלות העיקריות הן ריקבון שורשים (כתוצאה מעודף השקיה) ופטריות כמו חלודה (Puccinia menthae) או טחב אבקתי. חשוב לזהות את הבעיה מוקדם כדי לטפל ביעילות.
כנימות: הן מופיעות בדרך כלל בצד התחתון של העלים ובקצות הגבעולים. הן מפרישות טל דבש שמושך נמלים ועלול לגרום לפטרת שחורה. טיפול אורגני: ריסוס במי סבון (כפית סבון כלים עדין בליטר מים) כל 3 עד 4 ימים, או שימוש בתמיסת שמן נים (5 מ"ל לליטר מים). לחלופין, שחררו מושיות (צריות), טורפות טבעיות מעולות. מניעה: שמרו על מרחק בין צמחים לאוורור טוב.
אקריות (קרדית עכביש): הן זעירות, וניתן לזהותן לפי קורים דקים בין העלים והגבעולים. העלים מצהיבים ומתקמטים. הטיפול האורגני המומלץ הוא ריסוס במים חזק (ספוג) לשטיפת הקרדיות, או ריסוס בתמיסת שמן נים. גם חליטת שום (שן שום כתושה בליטר מים, מסננים ומרססים) יעילה. מניעה: הגבירו לחות סביב הצמח על ידי ריסוס מים על העלים בשעות הבוקר.
מחלות פטרייתיות: חלודה מופיעה ככתמים כתומים-חלודים בצד התחתון של העלים, וטחב אבקתי כציפוי לבן אבקתי. טיפול: הסירו עלים נגועים מיד, ורססו בתמיסת סודה לשתייה (כפית סודה לליטר מים עם טיפת סבון) או בחלב (1:9 מים). למניעה: השקו בבסיס הצמח ולא על העלים, והימנעו מצפיפות. ריקבון שורשים נגרם מהשקיית יתר, הפחיתו השקיה, וודאו ניקוז טוב; במקרה חמור, החליפו אדמה.
